בלוטת יותרת המוח (היפופיזה) היא אחת הבלוטות המרכזיות בגוף. בלוטה זו אחראית על שחרורם של הורמונים רבים: הורמון הגדילה, הורמוני הלחץ, הורמוני המין, הורמון לייצור חלב, ההורמון האחראי על איזון המלחים והנוזלים וההורמון האחראי על קצב חילוף החומרים בגוף. 

במצב טבעי ובריא גודלה של בלוטת ההיפופיזה כגודלו של אפון והיא יושבת בבסיס הגולגולת הקדמי בתוך חלל העצם המכונה האוכף הטורקי. אזור זה מצוי בסינוס הספנואידלי, מאחורי חלל האף, בין עצבי הראייה ועורקי התרדמה ומתחת להצטלבות עצבי הראייה.

רוב הגידולים בבלוטה זו שפירים. גידולים אלה יכולים לגרום תסמינים שונים בגלל שחרור יתר של הורמונים או הפרעה בייצור הורמונים. אם הם גדלים יותר מדי הם יכולים גם להוביל להיצרות שדה הראייה, או הפרעות אחרות בראייה. במצבים נדירים גידולים כאלה יכולים לדמם ולגרום עיוורון פתאומי וגם חסר הורמונלי מסכן חיים.

כאשר רוצים לנתח ולהסיר את הגידולים האלה יש לעשות זאת בשיטה אנדוסקופית דרך האף בשל מקומם הבעייתי. זהו גם המקור לשיתוף הפעולה עם הצוותים המומחים ברפואת אף אוזן גרון שעוזרים לשמר את התפקוד התקין של האף באמצעות פתיחת המעבר אל חלל הסינוס. 

בניתוח נעשה שימוש במעבר הטבעי דרך חללי האף ללא פתיחת הגולגולת, לכן ההחלמה מהירה וקלה יותר מאשר בניתוחים אחרים ולא מותירה צלקות נראות לעין.

בתוך המוח קיימת מערכת חדרים המלאה בנוזל. הנוזל הזה מיוצר ונספג במוח באופן רצוף. הוא מסתובב בין חלל המוח לחלל חוט השדרה וסביבם, ומספק הגנה למוח. ייצור יתר, הפרעה בספיגה, או הפרעה במעבר הנוזלים יכולים ליצור הצטברות נוזלים בחדרי המוח, והתוצאה היא הרחבתם של חדרי המוח. מצב זה נקרא הידרוצפלוס או הידרוקן.

הטיפול בהידרוצפלוס הוא התקנת מערכת דלף המחברת את חלל חדרי המוח לחלל הבטן, הלב או הריאות. בניתוח זה מתקינים מערכת של צינורות ושסתום מונחה לחץ שתפקידה להעביר את הנוזל המיותר מחלל המוח אל חלל הבטן, ובמקרים שכיחים פחות אפשר להעביר אותם ללב או לריאות.

גידולים היכולים להופיע בבסיס הגולגולת. כונדרוסרקומה (Chondrosarcoma) הוא גידול שמקורו ברקמת סחוס שגדל לאט אך יכול להיות אגרסיבי. כורדומה (Chordoma) הוא גידול נדיר הגדל לאט, ושמקורו בתאים שנותרו ממיתר הגב.

גידולים אלו מופיעים בקליבוס (Clivus), שהיא עצם הבונה את בסיס הגולגולת. הניתוחים להסרתם מתבצעים בגישה אנדוסקופית דרך האף בשילוב עם צוות אף אוזן גרון. גידולים אלו יכולים לפלוש גם לחוליות הצוואר, ואז נדרשת גם נוכחותם של מנתחי עמוד שדרה ולעיתים אף ניתוח נוסף לקיבוע. במקרים מסוימים יש צורך בתוספת קרינה לאחר כריתה כירורגית.

כלי הדם במוח הם מערכת מסועפת, מורכבת וחשובה לתפקודו התקין של הגוף. פגיעה בכלי הדם יכולה להתבטא בדימום מסכן חיים או בהפרעה לזרימת דם הגורמת לאיסכמיה (מוות) של אזורי מוח חיוניים, מצב המוכר כאוטם מוחי או שבץ מוחי.

ישנן גם מחלות של כלי הדם כמו מחלת מויה מויה (Moyamoya) שבה כלי הדם בצד אחד או בשני צדי המוח פגועים וגורמים אוטמים חוזרים ונשנים שיכולים לגרום נכות נוירולוגית קשה.

הטיפול היחידי למחלה זו הוא יצירת מעקף כדי לשפר את אספקת הדם למוח (כל צד בנפרד). במעקף נוצר חיבור ישיר או עקיף בין המערכת הבריאה של כלי הדם החיצוניים של הגולגולת לבין המערכת החולה של כלי הדם הפנימיים במוח. אלה הם ניתוחים יחידים במינם המספקים למטופלים סיכוי לחזרה לחיים נורמליים.

מלפורמציות (עיוותים) הן מומים מולדים של כלי הדם המתבטאים בחיבור ישיר של עורקים לוורידים ללא מעבר דרך הנימים הדואגים להורדת הלחץ בין העורק לבין הווריד. במקרים אלו קיימת סכנה לדימום מאזור החיבור והתוצאה יכולה להיות פגיעה נוירולוגית קשה. לעיתים המלפורמציה יכולה להתבטא בפרכוסים. הטיפול תלוי בכמה גורמים ויכול להיות צנתור (אמבוליזציה), ניתוח, קרינה או שילוב שלהם.

מנינגיומה (Meningeom) היא גידול שפיר שמקורו בקרומי המוח הגדל בקצב איטי. מנינגיומות יכולות להופיע בכל מקום שבו נמצא קרום המוח, מקמרוני המוח עד בסיס המוח ומרכזו. הגידולים יכולים לעטוף כלי דם חשובים ועצבים במוח או לערב אותם, לכן יש צורך בהפרדה מיקרוכירורגית המתבצעת תחת מיקרוסקופ.

שוונומה וסטיבולרית (Vestibular Schwannoma), המוכרת גם בשם נוירומה אקוסטית (Acoustic Neurinoma), היא גידול שמקורו בתאים המצפים את העצבים. במקרה זה מדובר בעצב השמע ושיווי המשקל. זהו גידול שפיר שמופיע בכל הגילים, שלעיתים הביטוי הראשוני שלו הוא ירידה חד צדדית בשמיעה. 

מסלולו של עצב השמע צמוד לעצב הפנים וניתוח להסרת הגידול עלול לסכן אותו, לכן ניתוחים מסוג זה מבוצעים בעזרת ניטור של עצב הפנים ולעיתים גם של השמיעה במטרה לשמר אותה.

במצבים נדירים של תסמונות שונות, למשל נוירופיברומטוזיס (Neurofibromatosis), אפשר לראות מטופלים שאצלם התפתחו שוונומות וסטיבולריות דו צדדיות.

שוונומה היא גידול שמקורו בתאי מעטפת העצב שיכול להופיע בכל אחד מהעצבים בגולגולת, לדוגמה עצב הפנים, העצב הטריגמינלי האחראי לתחושה בפנים ועצב הווגוס האחראי לתנועת מיתרי הקול.

תסמונת העצב המשולש גורמת הופעה של כאבים בחצי אחד של הפנים. זהו כאב "חשמלי" חד שיכול להתעורר בכל שעות היממה ללא הגדרה, לעיתים בתגובה לגירוי קל בפנים או ביצוע פעולות יומיומיות פשוטות כמו צחצוח שיניים, דיבור, גילוח ואכילה. 

אחד הגורמים לתסמונת הכאב הזאת הוא לחץ של כלי דם על עצב התחושה של הפנים (העצב הטריגמינלי). אם מאבחנים את הבעיה אפשר להציע למטופלים ניתוח לשחרור הלחץ, ובדרך כלל התוצאה היא שיפור מידי בכאבים ובחלק מהמקרים אפילו החלמה מלאה שלא מצריכה טיפולים נוספים.